1998 yılında Kültür Bakanlığı tarafından Gargara’nın yeri ile ilgili kapsamlı bir araştırma yapılmıştır. Bu araştırma sonucunda; ilk yerinin Nusratlı Köyü’nün kuzeyindeki Kocakaya Tepe’de olduğu, daha sonra Arıklı Köyü’nün doğusundaki Zindan Tepe’ye taşındığı tespit edilmiştir(**). Her iki tepede de bu araştırma sonucunu doğrulayacak tarihi kalıntılara rastlanmıştır. Eski ve yeni Gargar şehirlerini çevreleyen sur kalıntıları iki tepe üzerinde de günümüzde ayakta durmaktadır. Yeni Gargara şehir arazisi üzerinde eski dönemlere ait iki kuyu vardır: Bu kuyulardan birinin adı Uzun Kuyu, diğerinin adı Küçük Kuyu’dur. Küçük Kuyu, Nusratlı Burnu üzerinde Arıklı İskelesi civarında olup 1944 depremine kadar kullanılmıştır. Deprem sonucunda denizin içinde kalmıştır(***). Bu kuyu, “Liman Taşı” mevkiine yakınlığı ve denize çok yakın olmasından dolayı denizcilerin su ihtiyacı için uğrak yeri olmuştur. Bu kuyunun hemen arka tarafında zeytinlikler arasında bulunan ve Gargara’ya gizli çıkış yolu olduğu tahmin edilen tünel vardır.  Bugünkü yerleşim yerinin adını bu kuyudan aldığı sanılmaktadır.
Çünkü çevre köylülerin “İskele” olarak adlandırdıkları Küçükuyu, Cumhuriyet döneminde Deniz Yolları Acentesi’nin kurulmasıyla liman haline getirilmiş ve bölgenin önemli bir taşımacılık merkezi olmuştur. Yaşlı köylülerin Küçükkuyu’ya hâlâ “İskele” demelerinin nedeni bu olsa gerek.
Buraya ilk yerleşenler, zeytinyağı fabrikası işletmecileri, liman çalışanları ve balıkçılar olmuştur. Kurtuluş Savaşı yılları ve sonrasında  Girit ve Midilli Adası’ndan Türk ailelerinin gelmesiyle ve yurdun diğer bölgelerinden aldığı göçlerle gelişerek  “köy” konumuna gelmiştir. Özellikle 1944 depremi sonrası çevre köylerden göç eden köylülerle nüfus bir anda artmıştır. Önceleri Yeşil Yurt (Büyükçetmi) olan bucak merkezi Küçükkuyu’ya taşınmış ve 1970 yılına kadar Bucak Müdürü tarafından yönetilmiştir.
1970-1989 arası muhtarlıkla idare edilen Küçükkuyu, 1989’da belediye olmuştur.
Günümüzde; doğal güzellikleri, denizi, deniz ürünleri, şifalı suları, bitkileri, temiz havası, taş yapıları, tarihi değerleri ve tabii ki zeytin ve zeytin yağlarıyla Küçükkuyu, 3 bin yatak  kapasitesi ile turizm sektöründe dünyanın gizli  cennetlerinden biridir.